2022年11月18日，中国妇幼保健协会下发《中国妇幼保健协会关于公布第一批孤独症防治规范化建设示范单位、培育单位和建设单位名单的通知》（中妇幼便函（2022）462号），其中北京儿童医院新疆医院被确定为第一批“孤独症防治规划建设项目示范单位”，承担孤独症防治规范化建设及培训任务。
2022年9月30日，我院收到《关于同意新疆维吾尔自治区儿童医院加入福棠儿童医学发展研究中心的复函》，经福棠儿童医学发展研究中心第二届理事会审议通过，我院正式成为福棠儿童医学发展研究中心第49家理事成员医院。
2021年12月14日，为贯彻落实《国务院办公厅关于建立现代医院管理制度的指导意见》（国办发〔2017〕67号）、《国务院办公厅关于推动公立医院高质量发展的意见》（国办发〔2021〕18号）和《区域医疗中心建设试点工作方案》（发改社会〔2019〕1670号）等有关文件要求，加快建立健全现代医院管理制度，决定新增首都医科大学附属北京天坛医院等14家医院为建立健全现代医院管理制度试点医院。
2020年12月19日，国家区域医疗中心（筹建）揭牌，全面开启国家区域医疗中心建设新篇章。合作期内，以“北京儿童医院新疆医院”身份及名称开展各类工作。建设目标是通过10年的努力，依靠输出医院北京儿童医院在学科建设、诊疗技术、科研教学等方面的优势，将北京儿童医院新疆医院打造成编制床位800张的“立足新疆、面向西北、辐射中亚”的国际区域性综合儿童诊疗中心。承担区域性教学培训、人才培养和儿科疾病临床研究工作，成为新疆区域儿科医学中心和医疗龙头单位，形成资源完整、规模建制完善的儿科国家区域医疗服务体系。
根据党中央、国务院的决策部署，将新疆纳入了第一批“10+1” 国家区域医疗中心试点省份。2019年11月8日，在自治区党委、政府的关心支持下，首都医科大学附属北京儿童医院与自治区人民政府确定合作协议，由自治区人民政府授权委托北京儿童医院全面托管北京儿童医院新疆医院，享有独立事业法人资质，北京儿童医院对北京儿童医院新疆医院拥有独立自主运营权，北京儿童医院新疆医院作为主体单位，建设国家儿童区域医疗中心。
2018年1月，原新疆自治区卫计委党组组建新疆儿童医院领导班子，新疆儿童医院正式成立，相关筹建工作逐步推进。
2018年11月，原卫计委批复新疆儿童医院为三级医院。
2016年，新疆自治区党委、政府决定：依托自治区人民医院北院规划建设新疆儿童医院。
2005年10月18日，新疆自治区人民政府批复同意新疆交通医院整体移交自治区人民医院。2010年5月，更名为自治区人民医院北院。期间，医院以自治区人民医院内设机构运营。
1984年，经新疆自治区人民政府批准重新修建新疆交通医院。1986年12月，新疆交通医院门诊部正式开诊。经过20余年的发展建设，新疆交通医院成为一所以骨科为特色，集医疗、教学、科研、预防、康复于一体的二级综合性医院。
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